Die Verwerfungen des Zweiten Weltkrieges veränderten auch Stankowskis Lebenswege. Sie führten ihn letztendlich nach Stuttgart, wo er bis zu seinem Tode im Jahr 1998 in seinem Atelier am Killesberg arbeitete. Stuttgart wurde nicht zuletzt durch Anton Stankowski und seinen fortschrittlichen, auf das Wesentliche reduzierten grafischen Stil international bekannt, für visuelle Kommunikation und eine feste Größe für Designer und Gestalter. Anlässlich seines 100. Geburtstages im Jahr 2006 zeigte die Staatsgalerie Stuttgart eine Retrospektive seines gesamten Schaffens.